本所在海洋生物的病害研究方面也形成了自己的特色，主要在珊瑚、鲍鱼的疾病研究。如：发现了一种对珊瑚致病的新病毒，一种对虫黄藻致病的病毒及其包涵体；发现海南杂色鲍的球状病毒在鲍鱼体内从生殖细胞到胚胎的传染过程及其病毒对于杂色鲍的致死性；发现一种丝状甲藻会导致珊瑚的死亡和黑化；发现有四种吃珊瑚的海星，而不仅仅只有长棘海星对珊瑚的危害；还发现一种危害珊瑚吃食虫黄藻的纤毛虫，它也能引起珊瑚大量分泌粘液，等等。在抗病研究方面，曾研制一种多克隆的弧菌抗血清，有效治疗鱼类的创伤感染；在国际上首次发现龙虾、发螺对于海星的摄食作用，直接支持珊瑚礁的保护；研制地方性的弧菌疫苗，为上百万的鱼苗提供免疫保护。
图（左）海豚尸检；（右）治疗海龟
图（左）吃珊瑚体表虫黄藻的纤毛虫；（右）虫黄藻的病毒
图（左）珊瑚体内病毒：（右）珊瑚白化的流行病研究