在《保护珊瑚礁国家行动计划》(the National Action Plan to Conserve Coral Reefs，2000年)和《国家珊瑚礁行动战略》(the National Coral Reef Action Strategy，2002年)中，美国珊瑚礁特别工作组(USCRTF)确立了一个重要的保护目标，即在禁止捕捞的海洋保护区中保护至少20%的美国珊瑚礁及其相关栖息地类型。美国国家海洋和大气管理局(NOAA)的珊瑚礁保护计划一直在支持评估海洋保护区(MPAs)内目前的珊瑚礁保护水平，并量化在禁止捕捞保护区内受保护的美国珊瑚礁生态系统的面积。
这些评估的一个重要信息来源是国家MPA中心在美国海洋和沿海水域的海洋管理区清单(MMAs)。作为该目录的一部分，美国联邦、州、地区和联邦项目提交了其MPAs的描述性信息以及以GIS形状文件和地图的形式提供的地理空间信息。USCRTF的所有7个美国州和地区都参与了这份清单，并提供了有关其保护区的不同级别的信息。
然而，由于这些司法管辖区的一些保护区现有的数据差距，以及填补这些差距的资源和能力不足，获取完整的信息已成为一项挑战。这个项目的主要目标是:
1、获取美国五个珊瑚领地、夏威夷州和佛罗里达州从干托图加斯湾到比斯坎湾MPA站点的精确数字边界；
2、将这些信息与NOAA为这些地点创建的数字底栖生物栖息地的数据相结合，对保护区内受保护的珊瑚礁栖息地数量进行定量分析，更具体地说，是在禁止捕猎的海洋保护区内。
分析结果表明，保护区和非保护区的珊瑚礁生态系统资源所占比例，随地理位置的不同而有较大差异。在美国五个珊瑚领土中，美属维尔京群岛的珊瑚礁资源，在保护区中所占比例最大(64%)。美属萨摩亚以15%的比例保护了任何处于禁止占有地位的领土中最大的百分比。
Papahanaumokuakea国家海洋保护区的命名对夏威夷州珊瑚礁生态系统的保护地位产生了巨大的影响。整个西北夏威夷群岛，已被指定为禁止捕捞的海洋保护区，但海洋保护区覆盖的主要夏威夷群岛的珊瑚礁生态系统要少得多。
如前所述，由于数据的限制，无法对整个佛罗里达州进行分析。值得注意的是，佛罗里达大部分底栖生物栖息地的测绘工作都是在从干托图加斯（Dry Tortugas）到比斯坎湾（Biscayne Bay）的保护区内完成的。
（来源： NOAA Coral Reef Conservation Program）