近日,由中国海洋大学与海南南海热带海洋研究所(热海所)承担的多项科研项目合作研究传来重大喜讯,该项目核心成果 —— 中间鹿角珊瑚Acropora intermedia高质量改进版基因组研究论文,正式在国际著名学术期刊《自然》的《科学数据》中发表。这一成果为解析珊瑚应对气候变化的适应机制、推动鹿角珊瑚属比较进化研究提供了重要科学资源。
中间鹿角珊瑚作为印度洋 - 太平洋珊瑚礁生态系统的关键物种,不仅是造礁珊瑚的重要代表,更对热胁迫和酸胁迫表现出较强抗性,是研究珊瑚环境适应能力的理想对象。此前,该物种基因组虽有组装版本,但在连续性、完整性等方面存在局限。
本次研究采用 PacBio Hi-Fi 长读长测序技术,大幅提升了基因组组装质量。数据显示,新组装的中间鹿角珊瑚Acropora intermedia基因组总大小为 496.8 Mb,关键指标 Contig N50 从 40.3 Kb 跃升至 2.9 Mb,重叠群数量从 20,998 个锐减至 633 个,连续性实现质的飞跃。在完整性评估上,基于 BUSCO 的分析显示,基因组组装完整性从 90.6% 提升至 92.6%;预测的 26,852 个蛋白质编码基因,其 BUSCO 完整性更是达到 95.7%,较此前版本提升 2.7%。这些数据充分证明,新组装的基因组具备高质量、高连续性、高完整性的特点。
目前,全球近 50% 珊瑚礁已退化,鹿角珊瑚等造礁珊瑚面临严重生存危机。热海所陈宏等认为该基因组成果的发布,不仅为解析中间鹿角珊瑚的耐热适应性和杂交兼容性奠定基础,也为珊瑚白化的研究提供新的支持,更将助力全球珊瑚礁保护与生态修复研究,为应对气候变化下的珊瑚生存挑战提供科学支撑。